De verzameling van het museum is in wezen opgebouwd rond drie zwaartepunten. Allereerst is er een archeologische afdeling met tal van interessante Romeinse vondsten uit de tijd dat Nijmegen de belangrijkste stad van Nederland was. Verder heeft het museum een uitstekende verzameling middeleeuwse profane en kerkelijke kunst en tot slot is er een afdeling die gewijd is aan de moderne kunst. De nadruk ligt hierbij op de hedendaagse Nederlandse kunst van na 1960. Sterk vertegenwoordigd zijn werken in de stijl van de pop-art met zijn populaire beeldcultuur (onder andere Woody van Amen en Shinkichi Tajiri) en het hedendaagse expressionisme met zijn spontaan geschilderde doeken (onder andere Armando, Marjolijn van den Assem, Frank van Hemert, Marc Mulders en Elizabeth de Vaal). Ook voor de meer experimentele kunst is in het museum een plek ingeruimd.